پژوهشکده رویان هشتم خرداد ماه سال ۱۳۷۰ به عنوان مرکز جراحی محدود با هدف ارائه خدمات درمانی به زوج‏های نابارور و پژوهش و آموزش در زمینه علوم باروری و ناباروری توسط زنده یاد دکتر سعید کاظمی آشتیانی و گروهی از پژوهشگران و همکارانش در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی ایران تاسیس شد.

پژوهشگاه رویان در سال‏های ۱۳۷۷ و ۱۳۸۷ به ترتیب مجوز مراکز تحقیقات علوم سلولی و مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل را از شورای گسترش دانشگاه‏های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت کرد و آبان ماه ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای آن از پژوهشکده به پژوهشگاه رویان موافقت کرد.

فعالیت های پژوهشگاه
این پژوهشگاه فعالیت‌های پژوهشی و آموزشی و نیز درمانی خود را در قالب سه پژوهشکده و دو مرکز خدمات تخصصی (مرکز درمان ناباروری و مرکز سلول درمانی) با راهبرد از علم تا کاربرد انجام می‌دهد.

۱. پژوهشکده زیست شناسی و فناوری سلول¬های بنیادی رویان: این پژوهشکده در زمینه طب پیوند با شناخت مبانی پایه زیست شناسی سلول¬های بنیادی، توسعه تحقیقات ترجمانی سلول¬های بنیادی روی حیوانات آزمایشگاهی- با همکاری تیم دامپزشکی- و انجام کارآزمایی¬های بالینی فعالیت دارد. این پژوهشکده شامل گروه‌های پژوهشی سلول های بنیادی و زیست شناسی تکوینی، فناوری نانو و زیست مواد، زیست پزشکی ترمیمی و سلول درمانی، زیست شناسی سامانه های مولکولی است.

۲. پژوهشکده زیست شناسی و طب تولید مثل رویان: این پژوهشکده در زمینه افزایش میزان باروری، سلامت جنین و بهبود سلامت جامعه از طریق تحقیق و درمان ناباروری در حوزه¬های مختلف تولید مثل فعالیت دارد. این پژوهشکده شامل گروه‌های پژوهشی ژنتیک تولید مثل، جنین شناسی، اپیدمیولوژی و سلامت باروری، اندوکرینولوژی و ناباروری زنان، آندرولوژی، تصویربرداری تولید مثل است.

۳. پژوهشکده زیست فناوری جانوری: این پژوهشکده بر تولید دام و محصولات وابسته مرتبط با زیست فناوری در شهر اصفهان فعالیت دارد. پژوهشکده شامل گروه‌های پژوهشی مهندسی ژنتیک، زیست شناسی سلول جنسی و گروه زیست فناوری جانوری است.